在火影忍者忍者新世纪中快速上手，首先要掌握区服选择技巧。建议新玩家先进入一个区等待7天触发再临忍界机制，这样可以一次性领取1000点券和贵族等级六的奖励。传说区通常在5月和11月开放，氪金玩家较多竞争激烈，新手或零氪玩家建议避开。斗技区的匹配机制是10个区一起匹配，较早开放的区有先发优势但竞争也更激烈。每四个区会在10个月后合并，头区竞争压力较大，可以根据自己的实际情况选择合适的区服。
铜币优先用于升级头衔，预计需要1400万以上铜币才能升到最高级。勾玉升级不要全部堆在一个位置，要均衡分配才能最大化战力提升。每天记得给排行榜点赞获取铜币奖励，等级越高奖励越多。声望可以通过试炼之地、武斗祭、丰饶之间和组织叛忍活动获取。缺钱时可以多爬修行之路，每个关卡都有可观金钱奖励。装备强化顺序建议先点天赋，再升装备，最后弄通灵，因为天赋性价比最高。
副本通关第一章后可以开启自动战斗功能，解放双手轻松刷本。PK时要注意X轴技能释放范围，扫地技能可以在敌人落地时重置保护继续连招。替身术要在关键时刻使用，不要随便浪费。通灵兽可以在对方没有替身时释放，或者自己满奥义点时用来逼出对方替身。秘卷要根据不同情况使用，雷击适合起手和打断，水龙卷和裂炎弹多在对方替身后保护自己时使用。普攻抓人是成为高手的关键技巧，要在决斗场中多加练习。
幻境探险是重要的赛季玩法，主角达到75级后开启。总共有50层，每层由多个战斗关卡组成，层数越高难度越大。击败敌人可以获得幻境能量，用来激活天赋或重置天赋。某些层数会出现多个可选主题，可以根据自己阵容选择合适的。首次通关每层都有奖励，达到40层和50层还能获得特殊称号。探险等级提升时可以选择增益效果，精英关卡通关后也能选择增益。幻境能量不会随赛季结束清空，下赛季会按比例返还。
敌人入侵路上可以布置3个防守阵容，阵容的主角与忍者不能重复。每个防守点阻挡回合数不同，分别为2、3、4回合。敌人达到最大回合数会前往下一个防守点。每个防守点最多设置3个增益，且不能重复。如果敌人经过3个防守点还没被消灭，最后会由波风水门四代火影发动攻击。难度分为普通、强敌、灭绝、无尽四种，通关不同难度获得不同奖励。建议第一个防守点用爆发输出阵容，后面用控制或生存阵容。
通过忍者招募页面消耗封印卷轴获取新忍者，收集碎片可以升星获得属性加成。忍具召唤需要消耗召唤符，通过生存探险可以获得忍具和锻造石。在原石鉴定页面消耗原石获取勾玉晶石，用来升级勾玉提升属性。通灵兽系统消耗通灵卷轴召唤，升级通灵兽和进行修炼能提升忍者属性。饰品系统可以为忍者装备提供额外效果。装备需要定期升级、升阶和精炼来提升战斗力。合理搭配属性相配、追打效果出色的阵容是通关剧情和PVP的关键。
